ΙΑΤΡΙΚΗ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ

Από την καθηγήτρια του εργαστηρίου:
 

Καλησπέρα παιδιά,

σας στέλνω τα αρχεία για την εργασία σας. Επειδή όπως θα δείτε είναι πολλά, επιλέξτε ο καθένας ανάλογα με την ομάδα του αυτά που του χρειάζονται.

Προσπάθησα να τα αναρτήσω και στο Blackboard, αλλά δεν μου ανοίγει καν τη σελίδα, Εσείς μπαίνετε κανονικά???

Σίγουρα θα χρειαστείτε ΟΛΟΙ τους ΜΑΡΤΥΡΕΣ μοριακού βάρους (σε bp).

Οι φωτογραφίες σας είναι μαρκαρισμένες ανάλογα με την ομάδα σας.

Τα υπόλοιπα αρχεία είναι:

1) τα μοριακά βάρη για τους μάρτυρες μοριακού βάρους που έχετε χρησιμοποιήσει και που θα πρέπει να είχατε σημειώσει στην ηλεκτροφόρηση!

2) τα πρότυπα κοπής των pDrive plasmid, pUC18 plasmid και λ DNA για τα διάφορα ένζυμα που χρησιμοποιήσαμε και τους συνδυασμούς τους. Σε κάθε πρότυπο κοπής φαίνεται ο αριθμός των θραυσμάτων που δίνει η πέψη, καθώς και το μήκος του κάθε θραύσματος σε bp.

3) η φωτογραφία με τα πιθανά αποτελέσματα της PCR για την Alu ένθεση (TPA25).

Αξιολογείστε τα αποτελέσματά σας λαμβάνοντας υπόψη τα κάτωθι:

α) όσον αφορά στην πέψη με τα ένζυμα περιορισμού

- το κυκλικό DNA (άκοπο) είναι "ταχύτερο" από το γραμμικό που έχει το ίδιο μήκος

- μπάντες που είναι <200 bp πιθανόν να μην είναι ορατές στην αγαρόζη, οπότε στηρίξτε την απάντησή σας στα θραύσματα που είναι ορατά, στο κατά πόσο ανταποκρίνονται στο μέγεθος που αναμένεται από την αντίστοιχη πέψη

- το μέγεθος του κάθε θραύσματος που βλέπετε στην ηλεκτροφόρηση μπορείτε να το υπολογίσετε συγκρίνοντάς το με τους μάρτυρες μοριακού βάρους που υπάρχουν στο gel.

- για πιθανή αποτυχία της αντίδρασης, λάβετε υπόψη σας την ποσότητα και ποιότητα του DNA που χρησιμοποιήσατε (πχ. χαμηλή συγκέντρωση, χαμηλός λόγος καθαρότητας, αν είχατε εκχύλιση με οξειδωμένη φαινόλη, αν είχατε κάνει κάποιο λάθος στη διαδικασία, κλπ)

β) όσον αφορά στην PCR για το Alu

- μπάντες που είναι <100 bp είναι πιθανό να είναι διμερή των εκκινητών που περίσσεψαν στην αντίδραση (primers dimers)

- το τυφλό ΔΕΝ πρέπει να εμφανίζει μπάντα! Εάν αυτό συμβαίνει, τότε ή είναι επιμόλυνση ή είναι διμερή των primers που μοιάζουν με μπάντα (αν είναι <100 bp)

- για την ετεροζυγωτία ή την ομοζυγωτία στην ένθεση TPA25 (αυτό ανιχνεύαμε..) συμβουλευτείτε τη φωτογραφία-πρότυπο της PCR που σας επισυνάπτω

- για πιθανή αποτυχία της αντίδρασης, λάβετε υπόψη σας την ποσότητα και ποιότητα του DNA που χρησιμοποιήσατε (πχ. χαμηλή συγκέντρωση, αν είχατε κάνει κάποιο λάθος στη διαδικασία, κλπ).

Αν έχετε περαιτέρω απορίες, ελάτε να με βρείτε στο εργαστήριο (εκτός από τις ώρες μαθημάτων), θα είμαι κάθε μέρα. Επίσης, μόλις έχω πρόσβαση στο blackboard, θα αναρτήσω όλα τα αρχεία.

Καλή δύναμη,

Νίκη

Androniki Papoutsi
Biologist, PhD
Assistant Prof. of Biology & Genetics

Dept. of Medical Laboratory Studies

Alexandrio Technological Institude of Thessaloniki

Tel.: +30 2310 013902, +30 2310 791496
FAX: +30 2310 791485